Организация инновационной деятельности в Эколого-биологическом Центре – это комплексный процесс, требующий вовлеченности всех участников образовательного процесса. В учреждении созданы условия, способствующие творчеству и развитию, чтобы каждый мог реализовать свой потенциал и идеи.

• Это единая команда, участвующая в реализации инновационных проектов с использованием современных технологий и различных форм обучения.
• Это формирование культуры открытости к новшествам, поощрение креативности и инициативы среди педагогов и учащихся.
• Это применение мультимедийных средств, виртуальной и дополненной реальности в образовательном процессе.
• Это установление связей с учреждениями среднеспециального образования, высшими учебными учреждениями и другими образовательными организациями для обмена опытом и ресурсами.
• Это регулярная оценка результатов внедрения инноваций через обратную связь от обучающихся и педагогов.
• Это организация мероприятий для демонстрации результатов работы, обмена опытом с другими учреждениями.

С 2018 года МБУДО "Эколого-биологический Центр" является  инновационной ассоциированной организацией, включенной в пилотный проект по образованию для устойчивого развития "Межрегиональное сетевое партнерство: Учимся жить устойчиво в глобальном мире: Экология. Здоровье. Безопасность" (программа UNITWIN/UNESCO).

МБУДО "Эколого-биологический Центр" является участником регионального проекта "Летне-профоринтационные площадки для детей и подростков" на период до 2025 года (ГАУ ДПО ИРО).